近亲繁殖容易导致基因缺陷的累积。这是因为在近亲繁殖过程中，有害基因的携带者更容易将有害基因传给下一代。当这些有害基因在后代中累积到一定程度时，就可能导致疾病的发生。

近亲繁殖也可导致免疫功能下降，使种群更容易感染疾病。 近亲繁殖可对性格和行为产生不利影响，导致害羞、胆怯和攻击性增加，近亲繁殖可能导致适应性不足，使种群难以适应不断变化的环境条件。